Los orígenes de Caleruega se remontan a los albores de Castilla, en el siglo X, durante la Reconquista. Se funda como población amurallada con tres puertas y cuyo caserío se agrupaba en torno al torreón de los Guzmanes y la casa del Señor de la villa. De los orígenes de la villa de Caleruega se conservan varios testimonios (el Torreón de los Guzmanes y la parroquia románica de San Sebastián de la que hoy en día se conservan originales la torre y el arco de entrada).

En el año 1068 aproximadamente, el rey Alfonso VI el Bravo creó el Señorío de Caleruega, siendo Don Munio Díaz de Caleruega el primer titular. No obstante, tras la muerte sin descendencia del hermano de Sto. Domingo de Guzmán, el Venerable Antonio de Guzmán, V Señor de la Villa, el rey Alfonso X el Sabio otorgó a Caleruega un privilegio Rodado con el que entre otras cosas se le traspasaba el título al Real Monasterio, y más concretamente a la que fuese por entonces priora de dicho monasterio.

También hay que destacar que durante el destierro de El Cid Campeador, durante el siglo XI, éste pasó por la villa. En la Peña de San Jorge, una de las montañas de Caleruega, había muchas cuevas (ahora la mayoría bodegas), y según la leyenda popular allí se refugiaban los moros que, cuando lo veían necesario, atacaban al pueblo. Cuando el Cid llegó, el pueblo escondido y atemorizado en el Torreón de los Guzmanes salió a batallar y consiguieron expulsar a los moros de Caleruega.

En el siglo XIII, a raíz de la canonización de Santo Domingo, su hermano, el beato Manés, promueve la edificación de una capilla en su lugar de nacimiento (1237). Más tarde, en 1266, el rey Alfonso X el Sabio transforma la casa solariega de los Guzmanes en una iglesia monasterio a la que traslada la comunidad de monjas dominicas de San Esteban de Gormaz. En el siglo XVI, por iniciativa y proyecto de los dominicos mexicanos, se sustituye la iglesia original del beato Manés por otra más amplia.